依據國稅函[2009]203號<關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知>,取得高新技術企業證書企業,在辦理企業所得稅減免稅申請備案時分一下情況辦理:
　　一、當年可減按15%的稅率征收企業所得稅或按照《國務院關于經濟特區和上海浦東新區新設立高新技術企業實行過渡性稅收優惠的通知》（國發[2007]40號）享受過渡性稅收優惠的高新技術企業，在實際實施有關稅收優惠的當年，減免稅條件發生變化的，應按《科學技術部、財政部、國家稅務總局關于印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火[2008]172號）第九條第二款的規定處理。
　　二、原依法享受企業所得稅定期減免稅優惠尚未期滿同時符合本通知第一條規定條件的高新技術企業，根據《高新技術企業認定管理辦法》以及《科學技術部、財政部、國家稅務總局關于印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火[2008]362號）的相關規定，在按照新標準取得認定機構頒發的高新技術企業資格證書之后，可以在2008年1月1日后，享受對尚未到期的定期減免稅優惠執行到期滿的過渡政策。
　　三、2006年1月1日至2007年3月16日期間成立，截止到2007年底仍未獲利（彌補完以前年度虧損后應納稅所得額為零）的高新技術企業，根據《高新技術企業認定管理辦法》以及《高新技術企業認定管理工作指引》的相關規定，按照新標準取得認定機構頒發的高新技術企業證書后，可依據企業所得稅法第五十七條的規定，免稅期限自2008年1月1日起計算。
　　四、認定（復審）合格的高新技術企業，自認定（復審）批準的有效期當年開始，可申請享受企業所得稅優惠。企業取得省、自治區、直轄市、計劃單列市高新技術企業認定管理機構頒發的高新技術企業證書后，可持 “高新技術企業證書”及其復印件和有關資料，向主管稅務機關申請辦理減免稅手續。手續辦理完畢后，高新技術企業可按15%的稅率進行所得稅預繳申報或享受過渡性稅收優惠。
　　五、納稅年度終了后至報送年度納稅申報表以前，已辦理減免稅手續的企業應向主管稅務機關備案以下資料：
　　（一）產品（服務）屬于《國家重點支持的高新技術領域》規定的范圍的說明；
　　（二）企業年度研究開發費用結構明細表（見附件）；
　　（三）企業當年高新技術產品（服務）收入占企業總收入的比例說明；
　　（四）企業具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的比例說明、研發人員占企業當年職工總數的比例說明。
　　以上資料的計算、填報口徑參照《高新技術企業認定管理工作指引》的有關規定執行。