一、網上年檢在實際操作中存在的問題
　　由于網上年檢推行時間較短，基礎仍不扎實，應用還不普遍，因此在實際操作過程中仍存在不少問題。
　　第一，企業認識不足。譬如，有些企業電話咨詢中了解到網上年檢速度較快，卻仍帶著材料前往工商所要求紙質申報;另外，有些企業網上填報數據不準確，出現企業資產負債表、利潤表數據與年檢報告書不符的情況。
　　第二，網絡系統存在缺陷。一是外網系統導入過慢，網上年檢工作要求，預審工作應在企業網上申報后5個工作日內完成，但是系統時常出現5個工作日后才能將外網申報的信息導入內網年檢系統。二是內網系統不堪壓力，異常情況時有發生。不僅外網系統不夠完善，內網系統也時出故障，如企業在外網直接打印的材料數據信息居然與內網顯示數據不符，甚至出現內網年檢系統中企業的生產經營情況全部為零，在該種情況下，年檢人員需要逐個校正、輸入數據，辦事效率不升反降，影響了年檢機關形象。
　　第三，預審時限設定考慮不足。一些工商所轄區內的企業很多，大量企業集中在3、4月份申報網上年檢，企業預審信息密集涌進，而預審時間要求控制在5個工作日內，工商所有時窮全所之力亦難以應付。
　　第四，財務數據名稱不一，申報人員無所適從。此外，很多企業填寫信息不完整，從而在實際受理過程中企業被退回重新填寫信息的情況時有發生。
　　二、推廣普及網上年檢的幾點建議
　　一要通過網絡、報紙等途徑將“網上年檢”的重要性、注意事項、申報流程等內容，廣泛向企業和社會宣傳，并設立電話咨詢專線，安排專人接聽，隨時解答企業咨詢，為企業提供咨詢服務。
　　二要加強與經濟小區的聯系，通過經濟小區在行使企業管理職能時宣傳網上年檢的重要性和便捷性，引導企業進行網上年檢。
　　三要在企業登記注冊時發放新設企業須知事項宣傳小冊子，并對操作步驟進行詳細的解釋，使得企業理解網上年檢的各種好處，并能夠自行操作申報系統。
　　四要在市局門戶網站的年檢頁面清晰位置放上網上申報流程的動畫或者圖片，使得申報過程可以被更好地理解和操作。
　　此外要完善網絡系統，大幅度提高運行速度;要實行“分片，分時”舉措。與經濟小區溝通，平衡每日流量;要加強網絡系統整合，信息采集內容設置應更科學合理。