創新基金申報工作全面實行數字化管理，企業需登錄網絡工作系統進行網上申報。
第一 進行注冊
1．企業登錄當地推薦單位的網站（也可以通過科技部創新基金網站進入當地推薦單位網站），在線填寫企業信息；
2．企業下載注冊承諾書、注冊信息表，法人代表簽字，加蓋公章；
3．企業將注冊資料（加蓋企業公章的注冊承諾書、注冊信息表、企業法人營業執照、國稅登記證、地稅登記證、企業章程、驗資證明等）送交當地區縣科技主管部門進行審核認證；
4．區縣科技主管部門提出書面認證意見。
第二 進行申報
1．企業按注冊的用戶名和密碼登錄當地推薦單位網站（也可以通過科技部創新基金網站進入當地推薦單位的網站），選擇申報項目欄目進行操作；
2．企業按照系統的詳細提示，了解和明確操作要求；
3．企業填寫申報材料（創新基金申報系統提供了詳細的指標定義和解釋、填報說明和要求、以及相關學習知識，企業完全可以獨立完成填報過程）；
4．企業將完成的內容發送推薦，同時將區縣科技主管部門的認證材料、加蓋企業公章的相關附件報送推薦單位；
5．推薦單位對企業申報資料進行審核，提出修改完善意見，企業修改完善后提交；
6. 推薦單位接收企業申報的項目經審核后，網上激活，完成項目的申報。