二、專項審計的審計重點
專項審計的審計重點不是由注冊會計師根據風險評估情況確定的。專項審計的審計重點就是委托方委托審計的內容。比如改制審計，就是看企業的凈資產是否真實，為了反映真實的凈資產情況，還打破企業持續經營的會計核算制度，專門要求將應付福利費余額、應付職工教育費余額轉入凈資產中，這類審計對于會計科目使用是否規范、是否正確等問題，可以不作為重點。離任審計由于審計的內容較多，審計的重點也比較多，如財務狀況、經營成果及經營目標完成情況、資產質量情況、資產處置和管理情況、重大經濟決策情況、遵守財經法規情況、個人廉潔自律情況等都是審計重點，因為委托人要求對這些方面都要發表意見。總之專項審計各有其特點和內容，也就各有其審計重點。專項審計對于沒有委托的事項，可不列入審計程序進行審計，但對在審計中發現或注意到的企業內部控制存在的重大缺陷應提請委托人注意。
三、專項審計的審計方法與程序
專項審計在審計方法上沒有特別之處，無非是核對、盤點、函證、調查、詢證、計算分析之類。審計程序也可以參考年度財務報表審計的審計程序。雖然沒有針對專項審計制定特別的方法與程序，但是不能說專項審計與年度財務報表審計是一樣的。因為專項審計比年度財務報表審計要求更高。必須采用年度財務報表審計不常用的一些審計程序和方法。
1、年度財務報表審計可以由審計的注冊會計師根據審計重點與非重點，在審計程序上有略有詳。專項審計有特定的目的和用途，是為特定目的服務的，事務所的“中介”角色在專項審計中體現得最明顯、最突出。因此專項審計的風險大于定期財務報表審計，我們針對審計目標實施的審計，只有“細”不能有“粗”，一定要有較高的責任意識和風險意識，一定要保持高度的職業敏感性和職業判斷力。
2、在專項審計工作中，應針對審計目標、審計目的制定審計計劃、設計審計程序。有些專項審計有專門程序上的規定，審計之前注冊會計師應熟悉這些規定，有些在年度財務報表審計中沒有的審計程序如召開會議、民意測驗、個別談話等在專項審計中要使用。一些在年度財務報表審計中不常用的審計方法，如調查、詢問等在專項審計中會經常使用。因為本單位干部職工比審計人員更了解本單位的情況，比如設立小金庫問題、在招標中指定中標人問題，這些單從財務上是查不出來的。有時調查、詢問的結果，比財務會計審計的結果更切合實際，僅僅依靠財務會計審計的有時可能與實際情況正好相反，因此具有較高的風險。
3、專項審計具有較強的目的性，往往與被審計單位或個人具有較強的利害關系，在審計過程中應特別重視被審計單位對事實的確認。會計報表年報審計的工作底稿，是審計人員工作記錄，不需要由被審計單位和相關人員在審計工作底稿上簽字確認。被審計單位和人員簽字的是審計結論，而不是工作底稿，其目的是要求被審計單位按照審計結果調整會計報表。專項審計要求由被審計單位和相關人員在審計工作底稿上對查出的重要問題予以簽字確認，但不對審計結論簽字確認。