從對審計人員的要求看，經過多年的積累和規范，項目審計有較固定的模式，對審計人員的要求主要集中在以財政財務知識為基礎，對各項會計準則和審計準則的正確把握。而審計調查不僅要求審計人員有查賬的知識，更側重與調查內容相適應的管理知識、專業知識、政策水平，要了解國家的大政方針等等。寫作水平相對要求高，調查報告不僅要揭示存在的問題，更要有問題的成因分析，要有調查結論和改進建議。
由于存在上述的不同，導致兩種方式發揮作用的效果不同。項目審計對問題的處理或評價是具體的，針對某事或某項具體行為，對被審計對象具體行為的糾正有較強的作用。對上級管理者而言，它能較具體地了解某單位某事項的情況，而審計調查涉及的面廣，層次高，政策性強。對被調查的個體而言，不出具具體行為的處罰糾正決定，但對領導和決策層而言，可以更好地發揮參謀作用，提供宏觀決策和政策調整的依據。
此外，兩種方式必要時可以互相轉換，項目審計發現的突出的、苗頭性、普遍性的問題，可以通過審計調查擴大信息量，分析深層次原因，為決策提供依據；審計調查中發現被調查單位有重大的違反國家財經法規行為，審計機關認為有必要進行審計處理、處罰的，可以立項審計，作出審計處理、處罰決定或移送有關部門。
由于專項審計調查目的性強，程序相對簡單，建議和結論層次高，所以專項審計調查對全面提高審計質量、擴大審計影響往往可以起到事半功倍的效果。